十二生肖源于何时，今已难于细考。长期以来，不少人将《论衡》视为最早记载十二生肖的文献。《论衡》是东汉唯物主义思想家王充的名著。《论衡 ·物势》载：“寅，木也，其禽，虎也。戌，土也，其禽，犬也……午，马也。子，鼠也。酉，鸡也。卯，兔也……亥，豕也。未，羊也。丑，牛也……巳，蛇也。申，猴也。”以上引文，只有十一种生肖，所缺者为龙。该书《言毒篇》又说：“辰为龙，巳为蛇，辰、巳之位在东南。这样，十二生肖便齐全了，十二地支与十二生肖的配属如此完整，且与现今相同。
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关于十二生肖的起源，还有许多民间传说。有的说，轩辕皇帝要选十二个动物担任宫廷侍卫，动物纷纷报名，猫托老鼠代为报名，但老鼠忘了，所以十二生肖中没有猫，猫从此成了老鼠的天敌。也有的说，某次动物比赛本身，最后剩下武艺高强的象、鼠、牛等十三位。老鼠钻进了象鼻，弄得大象狼狈而逃，于是十二生肖中没有大象，老鼠占了第一。
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